สำนักงานเลขานุการคณะมนุษยศาสตร์ ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับคณะมนุษยศาสตร์ เมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2524 ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2524 สำนักงานเลขานุการเป็นหน่วยงานเทียบเท่าภาควิชา ทำหน้าที่เป็นหน่วยสนับสนุนการบริหารจัดการงานที่เกี่ยวข้องตามพันธกิจของคณะมนุษยศาสตร์ พร้อมทั้งให้บริการงานในส่วนที่เกี่ยวข้องแก่หน่วยงานภายในและภายนอกคณะมนุษยศาสตร์
• ได้รับอนุมัติปรับโครงสร้างภายใน จากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์วันที่ 27 ตุลาคม 2557 และตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2557 ให้แบ่งส่วนงานในสำนักงานเลขานุการคณะมนุษยศาสตร์ จากเดิมมี 4 งานเป็น 5 งาน ดังนี้
• ได้รับอนุมัติปรับโครงสร้างภายใน จากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์วันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2563 และตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2563 ให้แบ่งส่วนงานในสำนักงานเลขานุการคณะมนุษยศาสตร์ ดังนี้
• ได้รับอนุมัติปรับโครงสร้างหน่วยงานภายใน จากที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะมนุษยศาสตร์ เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2565 มีมติเห็นชอบให้ปรับโครงสร้างหน่วยงานภายในคณะมนุษยศาสตร์ และตามประกาศคณะมนุษยศาสตร์ เมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2565 ให้แบ่งส่วนงานในสำนักงานเลขานุการคณะมนุษยศาสตร์ เพื่อให้การบริหารงานและการดำเนินงานภายในคณะมีความชัดเจน คล่องตัว มีประสิทธิภาพ และเหมาะสม สอดคล้องกับภารกิจการดำเนินงานในปัจจุบัน รวมถึงให้เกิดการใช้ทรัพยากรร่วมกันอย่างคุ้มค่าและเกิดประโยชน์สูงสุดต่อองค์กร ดังนี้