สำนักงานเลขานุการคณะมนุษยศาสตร์ ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับคณะมนุษยศาสตร์ เมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2524 ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2524 สำนักงานเลขานุการเป็นหน่วยงานเทียบเท่าภาควิชา ทำหน้าที่เป็นหน่วยสนับสนุนการบริหารจัดการงานที่เกี่ยวข้องตามพันธกิจของคณะมนุษยศาสตร์ พร้อมทั้งให้บริการงานในส่วนที่เกี่ยวข้องแก่หน่วยงานภายในและภายนอกคณะมนุษยศาสตร์ โดยได้รับอนุมัติปรับโครงสร้างภายใน จากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วันที่ 27 ตุลาคม 2557 และ ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2557 ให้แบ่งส่วนงานในสำนักงานเลขานุการ คณะมนุษยศาสตร์ จากเดิมมี 4 งาน เป็น 5 งาน ประกอบด้วย 1) งานบริหารและธุรการ 2) งานบริการการศึกษา 3) งานคลังและพัสดุ 4) งานแผนและประกันคุณภาพ และ 5) งานอาคารสถานที่และยานพาหนะ