สำนักงานเลขานุการคณะมนุษยศาสตร์ ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับคณะมนุษยศาสตร์ เมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2524 ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2524 สำนักงานเลขานุการเป็นหน่วยงานเทียบเท่าภาควิชา ทำหน้าที่เป็นหน่วยสนับสนุนการบริหารจัดการงานที่เกี่ยวข้องตามพันธกิจของคณะมนุษยศาสตร์ พร้อมทั้งให้บริการงานในส่วนที่เกี่ยวข้องแก่หน่วยงานภายในและภายนอกคณะมนุษยศาสตร์ (เอกสารอ้างอิง)

พ.ศ.2563 อนุสนธิประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การปรับโครงสร้างหน่วยงานภายในคณะมนุษยศาสตร์ ลงวันที่ 25 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2563 อนุมัติให้ปรับโครงสร้างหน่วยงานภายในคณะมนุษยศาสตร์ โดยสำนักงานเลขานุการ แบ่งออกเป็น 5 งาน ประกอบด้วย 1) งานบริหารและธุรการ 2) งานคลังและพัสดุ 3) งานบริหารการศึกษา 4) งานแผนและประกันคุณภาพ 5) งานทรัพยากรกายภาพ (เอกสารอ้างอิง)

พ.ศ.2565 อาศัยมติที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะมนุษยศาสตร์ ในการประชุมครั้งที่ 3/2565 เมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ.2565 เห็นชอบให้ปรับโครงสร้างการหน่วยงานภายในคณะมนุษยศาสตร์ เพื่อให้การบริหารงานและการดำเนินงานภายในคณะมีความชัดเจน คล่องตัว มีประสิทธิภาพ และเหมาะสม สอดคล้องกับภารกิจการดำเนินงานภายในปัจจุบัน รวมถึงให้เกิดการใช้ทรัพยากรร่วมกันอย่างคุ้มค่าและเกิดประโยชน์สูงสุดต่อองค์กร (เอกสารอ้างอิง)